Naruto è sconvolto dalla morte di Jiraiya, ma ora è di vitale importanza scoprire al più presto il significato del messaggio cifrato, senza il quale sarebbe impossibile fronteggiare Pain. Sasuke e la sua squadra nel frattempo si alleano con quanto rimane di Alba e vanno alla ricerca dell'Ottacoda. Naruto viene invitato ad allenarsi sul Monte Myoboku per apprendere le stesse tecniche eremitiche di Jiraiya e, proprio mentre il nostro protagonista è assente, Pain sferra un attacco al Villaggio della Foglia.
