Moltitudini di microrganismi sono presenti in tutti gli alimenti, con l'eccezione di quelli sterili. Svolgono spesso un ruolo positivo e protecnologico, come nel caso degli alimenti fermentati, o sono in grado di produrre sostanze antimicrobiche che consentono la biopreservazione da altri microrganismi patogeni e alteranti; oppure possono anche essere responsabili del deterioramento degli alimenti o agenti di malattie a trasmissione alimentare. Negli ultimi anni tuttavia si è venuta a determinare una nuova visione del mondo microbico, non più focalizzata su una singola popolazione ma che si allarga, con uno sguardo d'insieme, verso la "comunità" dei microrganismi di un certo ambiente: si parla a questo proposito di microbiota; e anche, estendendo lo studio alla totalità del patrimonio genetico posseduto dal microbiota, di microbioma. Microbiologia alimentare applicata supera l'idea della microbiologia degli alimenti come disciplina che studia soprattutto la contaminazione da microrganismi per passare a descrivere invece il ruolo fondamentale che i microrganismi hanno nella trasformazione e nella conservazione degli alimenti stessi, e l'altrettanto significativo impatto sulla salute e sul benessere della persona. Dopo un'ampia introduzione sui diversi aspetti dell'ecofisiologia dei microrganismi e sulle tecniche di controllo dello sviluppo batterico, il testo tratta i vari gruppi di alimenti, suddivisi tra prodotti fermentati e non fermentati, e si conclude con una parte dedicata ai probiotici e al microbiota umano. Si affrontano inoltre, con competenze di diversa natura, le principali procedure per l'identificazione e la tipizzazione dei microrganismi negli alimenti, sia come target per indagini di tipo igienico-sanitario, sia per la ricerca di batteri di interesse tecnologico, ovvero associati a trasformazioni alimentari.
