Fra la grande peste del 1348 e il Settecento, l'Italia Settentrionale fu all'avanguardia in Europa nell'ambito della sanità e l'igiene pubblica. Per far fronte alle tante epidemie, che si ripresentavano con regolarità decimando la popolazione, molte città si dotarono di un ufficio permanente, addetto a monitorare la situazione igienico-sanitaria e ad adottare le necessarie misure di prevenzione. Avvalendosi delle relazioni stese all'inizio del Seicento per ordine del Magistrato alla Sanità dello stato fiorentino, Cipolla ricostruisce le condizioni igieniche delle città, i pericoli di diffusione delle malattie e le misure volenterose, ma spesso inadeguate, che medici e amministratori misero in campo contro gli assalti del "nemico invisibile".
