Cos'è accaduto prima dei fatti narrati nella trilogia di Maze Runner? Riavvolgiamo il nastro. Prima che i potenti della terra costituissero la C.A.T.T.I.V.O., prima che si formasse la Radura, prima che Thomas entrasse nel Labirinto, una serie di tempeste solari ha messo in ginocchio l'umanità. La mutazione è la storia di questa caduta. Mark e Trina vivono in un polveroso insediamento, insieme ad altri sopravvissuti all'apocalisse solare. Sono passati anni dalla catastrofe, eppure gli incubi di Mark sono ancora popolati dalle immagini delle devastazioni e dai volti dei familiari che ha perduto. Ma il peggio deve ancora venire. Un giorno, un enorme aeromobile appare nei cieli sopra l'insediamento e scarica sui superstiti emersi dai rifugi una pioggia di mefitiche frecce portatrici di un morbo letale. La maggior parte degli sventurati muore all'istante, gli altri, i più sfortunati, sperimenteranno gli effetti della malattia, che porta alla follia e rende aggressivi. Sembra non esserci più scampo per nessuno, ogni esistenza è ormai priva di valore, ma forse Mark e Trina possono far risorgere il mondo dalle proprie ceneri. Dopotutto, la fine è solo l'inizio. Eppure, per poter ricominciare, dovranno prima di ogni altra cosa rimanere in vita...
