La fortificazione, progettata da Francesco Prestino, ingegnere militare al servizio dello Stato di Milano, assunse la sua forma definitiva nel 1644. Nella costruzione, realizzata grazie all'impiego giornaliero di centinaia di uomini, venne inglobata l'antica torre difensiva del Becchignolo, di epoca medievale. La posizione di Forte San Giovanni era strategica sia per difendere le strade di collegamento con l'entroterra, sia per scoraggiare le eventuali sommosse della popolazione: le sue imponenti mura a tenaglia, sormontate da guardiole pensili, da secoli dominano il panorama di Finalborgo.
