Quando entra a far parte della prestigiosa gilda magica Fairy Tail, la giovane Lucy Heartphilia, maga degli Spiriti Stellari, si ritrova catapultata in un mondo di avventure assai più folli e sconclusionate di quanto potesse immaginare! Sembra proprio che in una gilda del genere non ci sia mai un attimo di requie, soprattutto dopo l'ingresso di Natsu Dragonil, un ragazzo allevato da un drago di nome Igneel. Affiancato dal suo gatto parlante Happy, Natsu è intenzionato a ritrovare Igneel, ma nel frattempo coglie ogni occasione per imbarcarsi in nuove missioni assegnategli dalla gilda. Ben presto Natsu, Happy e Lucy si ritrovano a collaborare, spesso accompagnati da Gray Fulibuster, in grado di esercitare la magia del ghiaccio, e dalla potente guerriera Elsa Scarlett, per contrastare nuovi pericoli che arrivano dall'esterno. Dopo un anno di assenza, i maghi di Fairy Tail tornano a Magnolia dove vengono a sapere di Lumen Histoire, il segreto supremo celato nel sottosuolo, e del potentissimo impero Alvarez sorto nelle terre di Alakitasia. Festeggiata la rinascita ufficiale della gilda e il ritorno del master, i nostri si preparano dunque a una guerra senza precedenti. La battaglia infuria più violenta che mai. Di fronte al sorriso di Elsa, tuttavia, Irene vacilla e infine si uccide, annullando così l'effetto di Universe One. Ora che Fiore ha di nuovo il suo aspetto originario, il combattimento continua a Magnolia. Mentre Gildarts affronta August, Gray fronteggia Zeref, ma lo scontro tra i due viene interrotto da Natsu, che ha infine scelto di restare umano, distruggendo il seme di drago e quello di demone. Nel frattempo, all'improvviso, Acnologia atterra di fronte a Elsa e Wendy. Lucy e Gray, impossessatisi del libro di E.N.D., raggiungono Mavis, che afferma di sapere come eliminare Zeref e dice loro che da quel momento in poi nessuno dovrà avvicinarsi alla gilda...
