Iron Man e Capitan America: due membri chiave degli Avengers, il più potente gruppo di supereroi del mondo. Hanno lottato fianco a fianco, hanno fermato minacce mortali per l'intero pianeta e sono diventati amici. Ora però tutto è cambiato. Un tragico scontro tra superesseri ha causato un'esplosione nel centro di Stamford, Connecticut, provocando centinaia di morti. Il governo degli Stati Uniti ha reagito rapidamente, richiedendo che tutti i supereroi e supercriminali - si registrino, dichiarando pubblicamente i propri poteri e la propria identità. Tony Stark, Iron Man, convinto che sia un passo spiacevole ma necessario, si offre volontario per supervisionare il processo di registrazione. Per Capitan America, invece, si tratta di un intollerabile attacco alle libertà civili. Decide quindi di disobbedire, e forma un proprio team di supereroi ribelli al di fuori della legge. Il risultato: una guerra civile all'interno della comunità superumana. Spider-Man è combattuto, e la sua intera esistenza viene sconvolta dal nuovo ordine imposto da Iron Man. La Donna Invisibile, uno dei membri fondatori dei Fantastici Quattro, si sente sempre più lontana da suo marito, Mister Fantastic. Prima che la guerra finisca, un eroe morirà e la lealtà di ogni superumano dell'Universo Marvel verrà spinta fino ai limiti estremi.
