Toma Kamijo vive nella città-studio, una cittadina per studenti che conta ben 2.300.000 abitanti dedita alla scienza e all'implementazione di poteri superiori. Il potere su cui Toma può contare è l'Imagine Breaker, il Distruttore d'Illusioni, che risiede nella sua mano destra e gli permette di neutralizzare qualsiasi potere anomalo, miracoli compresi, e con Index, una suora bambina della Chiesa Puritana d'Inghilterra nonché il fantomatico Indice dei Libri Proibiti, vivrà eventi quantomeno imprevisti... Nella città-studio si è manifestato uno strano fenomeno: a seguito di un'interferenza con il campo di dispersione A.I.M., è apparso un "angelo" che incombe nel cielo. Si tratta di Hyoka Kazakiri, amica di Index, che quest'ultima intende salvare mentre cerca, insieme a Toma, di interrompere l'interferenza. Ma Index e Toma non sono gli unici a cercare di raggiungere Kazakiri: anche Vento, una appartenente al Seggio alla destra di Dio e che osteggia profondamente la scienza, è sulle sue traccie e intende distruggerla in quanto angelo caduto, manipolato da un nucleo estraneo e quindi blasfemo. Nel frattempo, Accelerator continua a scontrarsi con Kihara per cercare di salvare Last Order mentre Index si consulta con Misaka per mettere a punto un rimedio che possa contrastare il virus che hanno inoculato alla bambina (e di cui Kihara detiene il codice). Quando finalmente Toma riesce a sconfiggere Vento e a salvare Kazakiri, un altro membro del Seggio alla destra di Dio appare e porta via la maga, alludendo a ulteriori trame dell'organizzazione di cui entrambi fanno parte...
