Quest'opera racconta la storia del popolo ebraico dalle origini fino all'epoca immediatamente precedente la guerra giudaica del 66-70 (raccontata da Flavio Giuseppe nell'altra sua opera Guerra giudaica). Essa è la principale fonte storica che ci sia pervenuta sulla Palestina del I secolo e contiene, tra l'altro, preziose notizie relative ai movimenti religiosi del giudaismo dell'epoca come gli Esseni, i Farisei, gli Zeloti. L'opera contiene anche riferimenti a Giovanni Battista, a Gesù e ai primi cristiani. Il più celebre di questi passi è il cosiddetto Testimonium Flavianum, che definisce Gesù un "uomo saggio" e un "maestro", affermando che compiva "opere sorprendenti" e che ebbe molti discepoli: Ponzio Pilato lo condannò alla crocifissione, ma i suoi seguaci, "che da lui sono detti Cristiani", continuarono a trasmettere il suo insegnamento. Per la presenza di alcune affermazioni difficili da conciliare con la visione religiosa dell'autore, il Testimonium è da tempo oggetto di discussione tra gli studiosi. Oggi, eliminate le interpolazioni dovute probabilmente all'inserimento nel testo di glosse marginali da parte dei copisti cristiani, si tende a sostenere l'autenticità del passo. Alcuni studiosi lo ritengono comunque interamente apocrifo, e altri integralmente autentico. Gesù è citato anche in un secondo passo, che non presenta particolari criticità, come fratello di Giacomo, condannato a morte dalle autorità religiose del tempo. L'uccisione di Giacomo non compare nel Nuovo Testamento, essendo successiva agli eventi narrati negli Atti degli Apostoli: l'episodio conferma comunque le persecuzioni subite dalla Chiesa primitiva. Il resoconto su Giovanni il Battista ne conferma l'arresto e la condanna a morte ad opera di Erode Antipa, come riferito dai Vangeli (Matteo 14, 1-12; Marco 6, 14-29; Luca. Nel primo volume ci sono i primi dieci libri dell’opera, dalla Genesi alle profezie di Daniele a Babilonia.
