Sono trascorsi due anni dalla fine della guerra tra l'Unione Terrestre e la Federazione di Giove. In seguito agli attentati terroristici portati ad alcune basi dell'Hisago Plan, la grande rete di navigazione che sfrutta la tecnologia del Boson Jump, la Nadesico B, al comando di Ruri Hoshino e dei suoi fidati luogotenenti Hari Makibi e Saburota Takasugi, si reca in ricognizione presso la stazione Amateras, centro nevralgico dell'intera struttura. Ma proprio in quel momento il nemico esce allo scoperto: al comando di Kusakabe, gli Eredi della Civiltà di Marte prendono possesso del nucleo dei reperti di Marte e assumono il controllo della tecnologia iperspaziale. Per contrastare l'offensiva di Kusakabe, il quartier generale dell'Unione Terrestre affida a Ruri il comando della Nadesico C.
