Sono trascorsi due anni dalla prima volta in cui Tetsuro Hoshino salì a bordo del Galaxy Express 999. Da allora la guerra tra gli esseri umani e gli uomini meccanici si è fatta più cruenta, estendendosi a tutti i sistemi stellari. La Terra è ormai un unico grande campo di battaglia, e gli uomini meccanici, forti nel numero e nella resistenza fisica, hanno fatto ormai perdere ogni speranza di vittoria per i pochi coraggiosi combattenti terrestri. Si narra, inoltre, che la regina Andromeda Promesium sia tornata in vita. Ma un giorno Tetsuro... VD
