Da bambina leggeva spesso romanzi di fantascienza e gialli presi in prestito dal fratello e dalla madre. Quest'ultima le aveva comprato un computer dopo che la piccola aveva tentato di scrivere un romanzo a mano durante la scuola elementare. Completata la scuola media a Inzai, la famiglia di Murata si trasferì a Tokyo, dove la giovane si diplomò alla Kashiwa High School (collegata alla Nishogakusha University). Successivamente frequentò l'Università di Tamagawa.
Il suo primo romanzo,
Jyunyu (
Breastfeeding), ha vinto il premio Gunzo 2003 per gli autori esordienti. Nel 2013 ha vinto il
Mishima Yukio Prize per
Shiro-iro no machi no, sono hone no taion no (
Of Bones, Of Body Heat, of Whitening City). Nel 2016 con il suo decimo romanzo,
Konbini ningen (
Convenience Store People, tradotto in italiano come
La ragazza del Convenience Store), ha vinto il prestigioso Premio Akutagawa, ed è stata nominata come una delle donne dell'anno da Vogue Japan.
Konbini ningen ha venduto oltre 600.000 copie in Giappone e nel 2018 è diventato il suo primo libro tradotto in inglese, con il nome di
Convenience Store Woman.