L'ascesa della Germania nazional-socialista non lo colse impreparato, il suo impegno civile contro il dilagare del fascismo si fece caricatura per le testate giornalistiche dell'epoca. Per via del suo orientamento politico venne arrestato nel 1939 e rinchiuso in un lager nazista. Sarà qui che Josef Capek si affiderà per la prima volta alla poesia. Prima che finisse la guerra, alcuni componimenti riuscirono a raggiungere Praga, per mano di studenti universitari che da Sachsenhausen nel 1943 fecero ritorno nella capitale boema. A questi si aggiunsero le copie delle poesie che alcuni detenuti vicini allo scrittore riportarono in patria dopo la guerra. Il 25 febbraio del 1945 Josef Capek venne trasportato nel campo di concentramento di Bergen-Belsen, dove morì, probabilmente a causa dell'epidemia di tifo che decimò i prigionieri rimasti nel lager, pochi giorni prima dell'arrivo delle truppe inglesi. Capek scrisse la sua ultima poesia "Prima del grande viaggio" ("P?ed velikou cestou") nel campo di concentramento di Sachsenhausen in prossimità dell'ultimo trasporto.
