Il ragazzo desiderava proteggere la ragazza. Era quello il suo intento. A distanza di soli 10 anni dalla precedente Guerra del Santo Graal – una battaglia condotta da maghi (Master) e Spiriti Eroici (Servant) al solo scopo di ottenere il leggendario calice onnipotente in grado di realizzare ogni desiderio – una nuova guerra incombe sulla città di Fuyuki. Emiya Shirou, figlio adottivo di Emiya Kiritsugu che partecipò alla precedente Guerra, ha deciso di combattere per realizzare l’ideale del defunto padre. Insieme a Saber, il Servant da lui evocato, Shirou forma un’alleanza con Tohsaka Rin e prende parte alla Guerra del Santo Graal. Ma la battaglia inizierà a degenerare non appena strategie segrete verranno messe in atto da forze invisibili.
