Craig, burattinaio ambulante, è sposato con Lotte, impiegata in un negozio di animali domestici. I due hanno pochi soldi e pochissime prospettive di miglioramento. Craig trova lavoro come archivista alla Lester Corporation, al settimo piano e mezzo di un palazzo nel centro di Manhattan. L'ambiente è triste, tranne la collega Maxine, di cui Craig subito si invaghisce. Lei però rifiuta ogni proposta e Craig, adirato, sbatte un cassetto, fa cadere una cartella dietro un armadietto, scopre una porta e un passaggio. Viene risucchiato in un tunnel ed eccolo nei panni di un uomo che legge il giornale, poi si alza, va allo specchio, si guarda: è John Malkovich, l'attore. Poco dopo viene espulso, e tornato in se stesso, vuole rendere noto ad altri la propria scoperta. Maxine la mette subito a frutto sul piano commerciale: duecento dollari a testa in cambio del sogno di essere John Malkovich. I clienti fanno la fila. Lotte, vissuta l'esperienza, incontra Maxine e se innamora. Ma è John che agisce, e Maxine non si tira indietro. Craig, sentendosi umiliato, chiude Lotte in gabbia e si appresta a prendersi una rivincita. Ma la situazione si ingarbuglia. Entra in ballo il vero John che segue Maxine, scopre questa attività clandestina, decide di fare un viaggio dentro sé stesso e ne rimane scioccato. Vorrebbe mettere fine a tutto, ma Craig è ormai entrato definitivamente nella sua testa. Malkovich smette così di fare l'attore per diventare un famoso burattinaio e sposare Maxine. Tempo dopo, Craig-Malkovich vorrebbe uscire dall'attore per tornare da Maxine. Ma la ragazza, dopo una lite, si riappacifica con Lotte, alla quale dice che il bambino che aspetta è di loro due. Anni più tardi, ecco la bambina ai bordi di una piscina con le due donne intorno. Attraverso i piccoli occhi una voce invita a non guardare Maxine. Forse Craig è tornato a fare lo spettatore: come era all'inizio.
